Avant le discours de Macron, les cartes et courbes pour comprendre la situation

SCIENCE - Quand il annonçait début juin des “décisions difficiles”, il pensait aux retraites. Mais ce sera finalement sur le Covid-19 qu’Emmanuel Macron va devoir trancher ce lundi 12 juillet. Dans un discours prévu à 20 heures, à la suite d’un conseil de défense sanitaire, le président de la République devrait annoncer de nouvelles mesures pour tenter d’endiguer la 4e vague de l’épidémie de coronavirus qui se profile, poussée par le variant Delta.

La vaccination obligatoire pour les soignants est la décision la plus attendue, mais de nouvelles restrictions et une extension du pass sanitaire pour pousser les citoyens non vaccinés à sauter le pas pourraient être annoncées. Il faut dire que le temps presse: la courbe des contaminations repart fortement à la hausse et les cartes de France se colorent à nouveau de rouge.

L’exemple britannique nous montre que cette hausse a peu de chance de s’arrêter et provoque son lot d’hospitalisations, même si l’impact sur le système hospitalier au vu de la vaccination est encore incertain. Pour bien comprendre où en est la France avant l’allocution d’Emmanuel Macron, Le HuffPost vous propose de faire un bilan de l’épidémie en cartes et en courbes.

Incidence, positivité et R effectif en hausse

La tendance est très nette ce lundi 12 juillet: l’incidence repart fortement à la hausse, de même que le taux de positivité. Logiquement, le R effectif est repassé au-dessus de 1. Pour le moment, les indicateurs hospitaliers continuent de baisser, mais de moins en moins vite.

Les deux graphiques ci-dessous permettent de suivre ces différents indicateurs et leur évolution en pourcentage sur une semaine.

Résumé des différents indicateurs

• Taux d’incidence: c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité: c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19: C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines. 
• Entrées en réanimation et nouvelles hospitalisations: moyenne lissée sur 7 jours des personnes entrant à l’hôpital
• Décès à l’hôpital: Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.
• R effectif: cet indicateur représente le “taux de reproduction du virus” réel, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées par un cas contagieux. Il est calculé par des épidémiologistes et a lui aussi un délai important. 

Le variant Delta majoritaire

Alors même que le dernier confinement (couplé aux conditions climatiques) avait permis une baisse plus importante qu’anticipée de l’épidémie, cette hausse semble surprenante au 1er abord. En réalité, les épidémiologistes alertent depuis des mois sur un tel scénario provoqué par le variant Delta (anciennement indien), bien plus contagieux.

Comme en Inde, au Royaume-Uni, en Espagne, au Portugal, aux Pays-Bas, le variant Delta a fini par s’imposer en France, représentant à l’issue du week-end près de 60% des nouveaux cas de coronavirus.

Dans certains départements, il représente même plus de 85% des cas, comme dans le Var, la Savoie, la Somme, la Haute-Savoie, la Vendée ou les Pyrénées-Orientales.

La carte de France inégale de l’épidémie

Parfois, comme dans les Landes, un fort taux de variant Delta ne se traduit pas obligatoirement par une hausse de l’incidence. Dans d’autres territoires où Delta représente une part très importante des cas de coronavirus, comme Paris, les Alpes-Maritimes ou encore les Pyrénées-Orientales, on voit clairement une hausse importante de l’épidémie.

Dans ce dernier département, frontalier de la Catalogne espagnole qui voit son nombre de cas de Covid-19 exploser, le taux d’incidence a augmenté de 600% en une semaine.

La carte du taux d’incidence, qui était entièrement verte il y a peu, recommence à jaunir. En France métropolitaine, sept départements sont déjà repassés sous le seuil d’alerte de 50 cas pour 100.000 habitants et ce nombre devrait grossir dans les prochains jours. Les courbes en dessous permettent de regarder en détail la situation dans chaque département.

La carte et le graphique ci-dessous permettent cette fois de voir la dynamique, l’évolution du nombre de cas sur 7 jours, en pourcentages. Cette carte est évidemment beaucoup plus rouge, car si l’incidence part de bas, elle augmente fortement.

L’épidémie se répand des jeunes aux plus âgés

Cette poussée du nombre de cas se voit avant tout chez les jeunes, notamment chez les 20-29 ans, chez qui l’incidence est à 99, bien au-dessus de la moyenne nationale qui se situe à 35.

Chez les 20-29 ans, cela fait effectivement plusieurs jours que le taux d’incidence augmente de plus de 90% sur 7 jours (soit quasiment un doublement par semaine du nombre de cas). Mais comme on peut le voir sur les graphiques suivants, l’épidémie se répand doucement dans les tranches d’âges plus élevées.

Chez les 60-69 ans, la croissance de l’épidémie est encore limitée à 35%, mais elle augmente petit à petit. Plus les plus de 70 ans, c’est encore plus léger, mais reste à voir quelle sera l’évolution de la situation.

Les précédentes vagues ont souvent commencé ainsi: d’abord les plus jeunes, avec plus d’interactions sociales, se contaminent entre eux. Puis ils contaminent quelques personnes de la génération du dessus, qui vont elles-mêmes contaminer des personnes de leur âge, et ainsi de suite.

Ce graphique réalisé en mars (au début de la campagne de vaccination) par Santé publique France montre bien ce phénomène: on se regroupe avant tout avec des gens de son âge, mais on va également parfois voir des personnes d’une génération au dessus ou en dessous.

Une France vaccinée (mais pas assez)

L’évolution exacte de la situation sanitaire est loin d’être certaine. Elle dépendra des mesures prises, mais aussi de la couverture vaccinale. Car à l’inverse des précédentes vagues, une part non négligeable de la population est vaccinée. 40% des Français sont entièrement vaccinés. Plus de 80% des 70 ans et plus ont reçu leur seconde dose.

Face au variant Delta, on sait que le vaccin est efficace. Il l’est moins après une seule dose, mais après deux doses, il diminue le risque d’attraper le Covid-19 de 80% environ et celui de développer une forme grave de plus de 90% et donc de décéder.

Le problème, c’est que face à un variant si contaminant, la France n’est pas assez vaccinée. En théorique, vu son taux de reproduction théorique (R0 = 6, ce qui veut dire qu’une personne en contamine 6 autres), 83% de la population française devrait être vaccinée pour que le coronavirus ne puisse pas se répandre.

Évidemment, cela ne prend pas en compte les personnes contaminées naturellement, les gestes barrières encore en place, le port du masque en intérieur, le traçage et l’isolation des contacts, etc.

Pour autant, il est clair que notre couverture vaccinale n’est pas suffisante. Aux prémisses de la vague au Royaume-Uni le 15 mai, un peu plus de 29% de la population était entièrement vaccinée. Aux prémisses de la vague française le 26 juin, un peu moins de 29% de la population était entièrement vaccinée. Or, après un faux plat, les hospitalisations augmentent très clairement outre-Manche (+56% en une semaine).

La bonne nouvelle, c’est que la vaccination semble repartir à la hausse depuis une semaine en France, comme on peut le voir sur le graphique ci-dessous. Y compris avec un léger sursaut chez les personnes âgées.

Quelles que soient les annonces d’Emmanuel Macron, elles viseront très clairement à augmenter le nombre de doses de vaccins injectées, notre meilleure arme contre le Covid-19 si l’on veut éviter un retour aux mesures restrictives. Reste à voir si celles-ci seront suffisantes pour consolider le mur vaccinal et endiguer cette future vague de coronavirus liée au variant Delta.

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