Covid-19: comment les variants circulent à bas bruit en France

SCIENCE - Ces derniers jours, on pourrait presque croire que tout va dans le bon sens sur le plan du Covid-19. Pendant que les courbes de l’épidémie sont à la baisse et que la vaccination s’accélère continuellement, le déconfinement se prépare.

On pourrait presque croire que tout va bien. À condition de ne pas prendre en compte les alertes des modèles épidémiologiques rappelant qu’un relâchement trop tôt des mesures sanitaires risque d’entraîner une résurgence de l’épidémie. À condition également que le coronavirus ne change pas une nouvelle fois, bref, qu’un variant dangereux ne devienne dominant. Un scénario loin d’être improbable, la lente progression du variant anglais cet hiver, qui s’est conclu par un troisième confinement national, l’a prouvé.

Une souche plus contagieuse, voire plus virulente, serait problématique, mais c’est surtout le risque d’une version du Sars-Cov2 échappant à l’immunité, voire aux vaccins, qui inquiète le plus. Pour s’assurer qu’une telle chose n’arrive pas, les autorités de santé tentent justement de traquer les régulières et nombreuses mutations du coronavirus et la circulation des principaux variants connus.

Cette chasse est loin d’être parfaite et de nombreux chercheurs estiment que la France n’est pas prête (plus de détails à ce sujet dans notre article dédié). Mais des outils existent déjà, qui permettent de se faire une idée partielle du panorama de la circulation à bas bruit des variants en France. Le HuffPost vous propose, entre cartes, graphiques et analyses, un petit tour non exhaustif.

La carte des principaux variants

Pour scruter les variants, la France se base sur deux méthodes. La 1ère, la plus précise, mais aussi la plus compliquée, est le séquençage du génome des coronavirus qui nous infectent, nous y reviendrons. Le problème, c’est que le séquençage est une méthode compliquée, lente, surtout dans l’Hexagone: à peine 2% des tests positifs sont analysés, avec des résultats qui arrivent longtemps après et des questions de représentativité des échantillons.

La seconde méthode de traque, bien plus simple à mettre en place, est le “criblage”. Pour faire simple, cela permet de vérifier sur un test PCR certaines mutations clés des variants les plus connus et problématiques. Depuis le début de l’année, le gouvernement se focalise en effet sur trois variants clés, découverts au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil. Respectivement 501Y_V1, V2 et V3.

Les tests de criblage permettent d’analyser environ la moitié des tests PCR positifs, selon le dernier bilan de Santé publique France et de les séparer en 4 groupes:

• La souche d’origine ou ses dérivés
• Le variant V1 et ses dérivés
• Les variants V2, V3 et leurs dérivés
• Des variants indéterminés

Les résultats des tests de criblage sont rendus publics tous les jours, de même que toutes les courbes et cartes de l’article. Le graphique ci-dessous montre à quel point le variant V1 (anglais) est devenu dominant.

La carte ci-dessous permet de se rendre compte de la part de chacun de ces groupes par département (cliquez sur les boutons pour afficher le groupe correspondant). On remarque que le variant V1, dit “anglais”, est clairement hégémonique dans la quasi-totalité des départements. Pour autant, la circulation à bas bruit de nombreuses souches du coronavirus continue en France.

L’évolution des variants par département

Dans certains départements, la part des variants V2 et V3 est assez importante. En Moselle, en Île-de-France, etc. Il ne faut pas tirer de conclusion hâtive pour autant: cela peut-être dû simplement au hasard. Un cluster particulièrement prolifique, alors même que le nombre de cas dans le département est faible, par exemple.

Dans d’autres départements, c’est la part des variants indéterminés (qui n’ont que l’une des deux mutations clés du variant anglais, pour faire très simple) qui est élevée. Comme en Indre-et-Loire, dans le Calvados, à Paris ou dans l’Essonne.

Le graphique ci-dessous permet d’analyser l’évolution dans le temps de la part de chaque variant ainsi que l’évolution du nombre de cas criblés pour chaque département.

Encore une fois, il ne faut pas tirer de conclusion hâtive, mais ces évolutions sont clairement des signaux faibles surveillés étroitement. “Les hausses des variants V2 et V3 ou indéterminés dans certains départements sont investigués”, détaille Adeline Feri, qui suit l’évolution des variants pour Santé publique France. “Des enquêtes de séquençage avec des protocoles spécifiques sont organisées sur certains territoires, avec un suréchantillonnage”.

L’idée, c’est qu’une hausse dans une de ces catégories pourrait cacher ce que l’on redoute: qu’un variant inconnu réussisse à s’imposer face au variant anglais, actuellement dominant. Soit parce qu’il échappe à l’immunité (naturelle ou du vaccin), soit parce qu’il est encore plus contagieux.

Risque d’échappement en Île-de-France

La propagation du variant V2 (Afrique du Sud) en Île-de-France en est un bon exemple. Dans sa dernière analyse de risque, Santé publique France précise que les données de séquençage confirment une hausse en Île-de-France du variant sud-africain, qui représentait environ 10% des génomes séquencés, “un signal à suivre de près”.

Pourquoi? Car jusque-là, le variant V2 ne s’est pas imposé face à V1. Ce qui pourrait vouloir dire qu’il n’est pas plus contagieux que la souche anglaise qui domine en France. Mais les scientifiques suspectent le variant sud-africain de pouvoir contaminer des personnes immunisées, voire même vaccinées par AstraZeneca ou Janssen. Or, l’Île-de-France “se caractérise par un taux d’incidence encore élevé et un taux d’immunité post-infection le plus élevé en France (environ 40%)”, rappelle Santé publique France.

“Ces conditions peuvent favoriser l’émergence et la diffusion de variants échappant à la réponse immunitaire, dans le contexte de la progression de la vaccination”, précise le rapport. “Il est possible que cette tendance se poursuive en Île-de-France et ailleurs en France, ce qui souligne l’importance d’une surveillance renforcée des variants du SARS-CoV-2″.

Les variants bretons et indiens à la loupe

Surveiller les variants déjà connus est nécessaire, mais ne suffit pas. L’analyse de risque rappelle d’ailleurs qu’en dehors des “variants préoccupants” évoqués plus haut, il existe également 10 “variants d’intérêts” et 7 “variants sous surveillance”. En clair, des versions du coronavirus comptant certaines des mutations connues pour être possiblement problématiques, mais sans certitude.

Ici, le criblage ne suffit pas à surveiller, il faut donc séquencer. Santé publique France rappelle que certains ont été détectés en France, mais dans des proportions très faibles à chaque fois pour le moment. L’agence de santé s’étend plus en détail dans son dernier bulletin épidémiologique sur deux variants spécifiques: B.1.617 et B.1.616.

Le 1er, aussi appelé variant indien, est scruté de près, car il est apparu juste avant l’énorme vague de Covid-19 qui a déferlé sur l’Inde. Une dizaine de cas ont été détectés en France, mais le risque de diffusion en dehors du cercle familial est faible, estime Santé publique France, qui continue de “suivre avec attention” la situation.

Le second est appelé variant “breton”. Sa particularité, c’est qu’il semble parfois échapper au test PCR classique. 42 cas ont été confirmés en France entre janvier et avril, dont 39 en Bretagne. Ils ont entraîné la mort de 18 personnes. Un chiffre très important, mais il faut bien comprendre que ce variant était dans la majorité des cas non détectés par PCR classique, seules les formes graves sont repérées. Santé publique France n’est pour autant pas inquiète, affirmant que la diffusion du variant est encore restreinte. 

Ces exemples montrent en tout cas l’intérêt fondamental du suivi des variants pour être certain que l’épidémie de Covid-19 n’échappe pas à tout contrôle une énième fois.

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