Covid-19 en Nouvelle-Aquitaine: pourquoi l'épidémie inquiète dans le Sud-Ouest
SCIENCE - Moins d’une semaine avant la nouvelle étape du déconfinement, la situation épidémique en France est toujours au beau fixe... ou presque. “En Nouvelle-Aquitaine, nous constatons des hausses parfois sensibles de la circulation du coronavirus”,...
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SCIENCE - Moins d’une semaine avant la nouvelle étape du déconfinement, la situation épidémique en France est toujours au beau fixe... ou presque. “En Nouvelle-Aquitaine, nous constatons des hausses parfois sensibles de la circulation du coronavirus”, a déclaré mercredi 2 juin le porte-parole du gouvernement, Gabriel Attal.
“Cette évolution défavorable est particulièrement marquée dans les Pyrénées-Atlantiques, où l’incidence a progressé de près de 80% sur une semaine”, et “dans une moindre mesure en Charente-Maritime, dans le Lot-et-Garonne, en Charente, dans les Landes et en Gironde”, où un variant rare est d’ailleurs sous surveillance.
La Nouvelle-Aquitaine rattrapée par l’épidémie
Quand on regarde le taux d’incidence du Covid-19 dans ces départements, on voit en effet que la courbe stagne, voire augmente ces derniers jours. Il faut pour autant rappeler que la situation n’est pas alarmante, car le taux d’incidence reste relativement faible.
La tendance est encore plus frappante quand on regarde l’évolution, en pourcentage, de ce taux d’incidence. Alors qu’il baisse en moyenne de 20 à 25% depuis une semaine sur l’ensemble de la France, la situation est plus nuancée en Nouvelle-Aquitaine.
Une hausse est notable et claire dans les Pyrénées-Atlantiques et moins marquée en Charente-Maritime. Dans les Landes et le Lot-et-Garonne, on est sur un plateau. Quant à la Charente et à la Gironde, la situation est très incertaine.
Mais pourquoi cette situation si particulière? ”“Comme nous avons été moins touchés jusqu’ici, la population jeune (moins de 50 ans) est moins immunisée. [...] Tout cela était prévisible et prévu”, a estimé lors d’une conférence de presse, mercredi 2 juin, le directeur de l’ARS Nouvelle-Aquitaine Benoît Elleboode, cité par France Bleu.
L’incertitude des variants
Laurent Filleul, épidémiologiste à Santé Publique France, a de son côté précisé que “le taux d’incidence est très élevé chez les jeunes. Il y a des clusters dans les écoles”.
Il y a donc derrière ce début de hausse en Nouvelle-Aquitaine une logique démographique et épidémique. Mais l’arrivée de nouveaux variants, notamment le variant delta (indien) ne pourrait-elle pas se cacher derrière ce sursaut épidémique? Des foyers de variant delta ont été détectés dans les Landes, par exemple. Mais pour Laurent Filleul, “pour l’instant, il n’y a pas de chaîne de transmission identifiée”.
Malheureusement, notre vision de l’évolution du variant indien est bien loin d’être au niveau de celle du Royaume-Uni. Mercredi 2 juin, l’ARS Nouvelle-Aquitaine précisait à France Bleu que ce foyer de variant delta, au sein d’une famille, remontait à début mai. Pourquoi un tel délai? Car aujourd’hui, le seul moyen d’identifier cette souche du coronavirus, c’est de pratiquer un séquençage du génome.
Or, comme nous l’expliquons dans cet article, le séquençage prend du temps et, surtout, est encore sous-dimensionné en France. Pire: personne dans cette famille n’a été en contact avec une personne ayant voyagé en Inde ou au Royaume-Uni, les deux pays où se concentrent l’écrasante majorité des contaminations connues dues au variant delta. Il doit donc exister d’autres cas non séquencés.
Le criblage, qui permet d’identifier bien plus rapidement un variant spécifique dans un test positif, n’est pas aujourd’hui adapté au variant delta. Santé publique France affirmait fin mai que de nouveaux tests spécifiques pour cette souche seraient disponibles “dans les prochaines semaines”.
En attendant, si d’aventure le variant indien circule, il est majoritairement classé dans la catégorie “souche d’origine”, qui correspond à tout coronavirus ne disposant pas des mutations les plus connues des variants alpha, beta et gamma (anglais, sud-africain et brésilien).
La souche d’origine ne représente plus, à l’échelle nationale, que 4% des tests criblés. Or, comme on peut le voir sur la carte ci-dessous (mise à jour quotidiennement), la part de cette souche est plus élevée dans la région Nouvelle-Aquitaine. Elle est même de 36% dans les Landes, ce jeudi 3 juin.
Le HuffPost a demandé à l’ARS Nouvelle-Aquitaine si une politique de criblage ou de séquençage plus conséquente allait être organisée, mais n’a pas encore obtenu de réponse. L’article sera mis à jour quand ce sera le cas.
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