Covid-19: les courbes et cartes pour comprendre pourquoi "la tendance n'est plus bonne"

SCIENCE - Le 17 février dernier, le porte-parole du gouvernement rappelait que si l’épidémie de Covid-19 semblait stagner, voire décroître, il ne fallait surtout pas crier victoire et qu’un rien pouvait faire basculer la situation.

Justement, ces derniers jours, plusieurs indicateurs permettant de suivre l’évolution du coronavirus en France repartent à la hausse. Olivier Véran et Gabriel Attal ont tous les deux rappelé ce week-end que la tendance n’est “pas bonne” au niveau national.

Des prises de parole qui ont lieu alors que des mesures de restriction devraient être annoncées pour les Alpes-Maritimes ce lundi 22 février. Pour comprendre ce qu’il se passe et l’inquiétude de l’exécutif, Le HuffPost vous propose de faire le point sur l’épidémie de Covid-19 en courbes et en cartes.

Les courbes globales du Covid-19 en France

Si l’on regarde les principaux indicateurs de suivi du coronavirus scrutés par le gouvernement, on voit que la tendance baissière s’est enrayée.

Voici une description des principaux indicateurs suivis:

• Taux d’incidence: c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité: c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19: C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines. 
• Décès à l’hôpital: Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.

On voit sur ces indicateurs que hospitalisations stagnent à nouveau et que l’incidence et la positivité augmentent. 

Cartes et courbes par départements

Toute la France n’est pas concernée de la même manière, comme on peut le voir si l’on regarde l’évolution du taux d’incidence par département. La carte ci-dessous montre bien que pour les chiffres les plus récents (18 février), le nord et une partie de l’ouest de la France voient le nombre de cas de coronavirus repartir à la hausse.

Alors qu’il y a encore quelques jours, la carte était en grande majorité verte (vous pouvez remonter le temps en appuyant sur le bouton “Play” ou en déplaçant le point noir au-dessus de la carte).

Le taux d’incidence seul est un baromètre utile, mais qui peut être parfois trompeur. Le taux de positivité permet de limiter les biais. C’est pour cela que nous avons également mis au point une carte de France basée sur le taux d’incidence et de positivité. Chaque département est coloré en fonction de l’évolution de ces indicateurs. La première carte (bouton “tendances”) permet de voir l’évolution dans le temps du taux d’incidence et de positivité. En clair, de savoir si la situation s’améliore ou se détériore dans chaque département.

Comme ces taux dépendent des remontées du dépistage, nous avons choisi de mettre en avant uniquement les baisses et hausses des deux taux pendant plus d’une semaine. 

La seconde carte (bouton “indice global”) montre l’état d’un département par rapport aux seuils de vigilance et d’alerte mis au point par le gouvernement lors du déconfinement en mai dernier. Par rapport à la seconde vague, une grande partie des départements ne sont plus au-delà des deux seuils d’alerte. Mais on voit que la situation reste compliquée dans une majorité de départements.

On voit la même tendance se dessiner, avec un quart nord-ouest de la France qui se colore de bleu foncé (hausse sur 7 jours de l’incidence et de la positivité).

Courbes du taux d’incidence et de positivité par département

Certains territoires sont plus touchés que d’autres. Les courbes ci-dessous, qui montrent l’évolution dans le temps du taux d’incidence et de positivité par département, permettent de mieux s’en rendre compte.

Si la situation dans les Alpes-Maritimes est problématique, avec un taux d’incidence alarmant (plus de 550), l’évolution est pour le coup incertaine, avec une baisse toute récente. Il faudra attendre quelques jours pour voir si cela se confirme, aidé par de nouvelles mesures.

D’autres départements à l’incidence plus faible ont une trajectoire inquiétante. Le Nord et le Pas-de-Calais voient leur courbe augmenter de manière exponentielle. Certains départements de Bretagne et d’Île-de-France également voient leur courbe repartir brutalement à la hausse.

Causes inconnues, variant suspecté

Comment expliquer cette accélération soudaine? Difficile à dire. Le fait qu’elle semble pour le moment régionalisée pourrait faire craindre que la part du variant anglais soit en partie responsable.

On sait en effet que celui-ci est plus contagieux (entre 35% et 70%), même si les mécanismes sont encoure flous. En fait, la baisse récente aurait pu être une fausse bonne nouvelle. Imaginons qu’avec les mesures actuelles, couvre-feu compris, le taux de reproduction du virus classique, le fameux “R effectif”, soit de 0,8. Cela veut dire qu’une personne infectée en contamine en moyenne 0,8. Donc, l’épidémie baisse.

Mais avec un variant, disons, 50% plus contagieux (les estimations fluctuent entre 35% et 75%), les choses changent. Si le coronavirus classique, avec les mesures actuelles, a un R de 0,8, celui du coronavirus 501Y.V1 (variant anglais) se situerait autour de 1.2. Dans ce scénario théorique, une fois que les cas de variants sont dominants, l’épidémie progresse à nouveau. Exponentiellement.

Et le fait est que la part de variants en Bretagne, en Île-de-France et dans les Hauts-de-France est importante. Pour autant, les choses ne sont pas aussi simples. Si l’on superpose les dernières estimations de Santé publique France sur la proportion des variants (plus le département est bleu foncé, plus il y a de variants) avec la dernière carte de l’évolution de l’incidence (plus c’est vert, plus le taux baisse, plus c’est rouge, plus il augmente), on voit des similitudes, mais aussi des divergences.

Comme toujours, l’évolution de l’épidémie de Covid-19 dépend de multiples facteurs et n’est pas simple à analyser, encore moins à prévoir. La vague de froid qui a touché pendant une dizaine de jours la France, et notamment sa partie nord, pourrait aussi avoir joué un rôle dans ce début de regain épidémique. Auquel cas, le redoux actuel pourrait être une bonne nouvelle.

Quoi qu’il en soit, ces indicateurs sont à suivre avec attention. Il faudra notamment vérifier à l’échelle nationale et départementale l’évolution de ces indicateurs. Il faudra également voir si les chiffres hospitaliers suivent, avec un décalage, la tendance. Les prochains jours seront cruciaux pour déterminer comme la France va passer l’hiver.

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