Les microbes que vous retrouvez sur vos chaussures indiquent la ville où vous habitez
MICROBES - Chaque ville possède sa propre “empreinte digitale” microbienne, affirme une étude d’un consortium de scientifiques dirigé par l’Université de Cornell publiée le 26 mai dans la revue Cell. Rien qu’en prélevant l’ADN présent sur la...
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MICROBES - Chaque ville possède sa propre “empreinte digitale” microbienne, affirme une étude d’un consortium de scientifiques dirigé par l’Université de Cornell publiée le 26 mai dans la revue Cell. Rien qu’en prélevant l’ADN présent sur la semelle de vos chaussures, on pourrait déterminer où vous habitez, explique un article du site Science Alert citant les auteurs de l’étude.
Pour leur recherche, les scientifiques du consortium MetaSUB fondé par le biologiste Christopher Mason de l’Université de Cornell, ont mené des milliers de prélèvements dans les transports publics de près de 60 villes dans 32 pays. En soumettant les 4700 échantillons collectés à un séquençage génétique, les chercheurs ont créé un atlas mondial des écosystèmes microbiens urbains, une 1ère selon les auteurs de l’étude.
Des milliers de virus et bactéries inconnus dans les villes
Les résultats suggèrent qu’aucune ville ne ressemble à une autre: chaque ville révèle un ensemble unique d’espèces microbiennes, distinctes des populations de microbes retrouvés dans les autres environnements urbains. L’étude révèle également la présence de milliers de micro-organismes auparavant inconnus, environ 11.000 virus et 1300 bactéries qui ne correspondent à aucune espèce connue.
“Chaque fois que vous vous asseyez dans le métro, il est vraisemblable que vous voyagez avec des espèces entièrement nouvelles”, explique Christopher Mason. Les chercheurs ont également identifié un échantillon de 31 espèces de microbes non humaines dans 97% des échantillons qui constituent un “noyau” du microbiome urbain apparaissant dans la plupart des villes étudiées.
Les variations géographiques des populations de microbes constatées dans l’étude sont cependant importantes. “Un microbiome correspond à l’endroit où il a été collecté”, indique David Danko un des auteurs de l’étude. “Un échantillon dans une ville côtière peut contenir des microbes adaptés au sel tandis qu’un échantillon venant d’une cité densément peuplée montrera une frappante biodiversité”.
Des nouveaux médicaments grâce aux bactéries du métro
Il reste à déterminer si ce caractère unique des flores microbiennes de chaque ville est dû au hasard ou s’il existe une signification plus profonde des variations géographiques qui ne serait pas encore totalement comprise.
Au-delà de pouvoir différencier les signatures microbiennes de chaque métropole, les chercheurs espèrent découvrir de nouvelles pistes pour identifier les menaces en matière de santé. Comme des souches de bactéries résistantes aux antibiotiques dont l’existence a été identifiée dans de nombreuses villes de l’étude, bien que ces dernières n’y aient pas été retrouvées en abondance.
La révélation d’agents pathogènes inconnus dans les villes pourrait également être prometteuse pour la médecine, en aidant à la découverte parmi eux de cluster de gènes métaboliques qui sont des composants génétiques des bactéries utilisés pour la fabrication de futurs antibiotiques ou médicaments.
“Les gens pensent souvent que la forêt vierge abonde, grâce à sa biodiversité, de nouvelles molécules pour des médicaments. Mais la même chose pourrait être dite d’une rampe de métro ou d’un banc”, affirme Christopher Mason.
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