Variant indien: la France risque-t-elle d'être rattrapée en plein déconfinement?

SCIENCE - Comme une légère impression de déjà-vu. Après un confinement efficace, le gouvernement choisit d’alléger les restrictions alors que l’épidémie de Covid-19 est toujours importante sur le territoire. Alors que le Royaume-Uni alerte sur la propagation galopante d’un nouveau variant, probablement plus contagieux, quelques cas sont repérés dans le pays.

Ces quelques lignes décrivent la situation française en décembre dernier. Quelques mois plus tard, le variant “anglais” V1 devenait dominant en France et entraînait une troisième vague, suivie d’un nouveau confinement national.

Mais ces quelques lignes décrivent également la situation française ce mardi 18 mai, sauf que le variant a changé. C’est aujourd’hui B.1.617 (variant “indien”, car détecté en Inde pour la 1ère fois) qui inquiète les chercheurs.

La France est-elle condamnée, comme en décembre, à une énième vague à cause d’un nouveau variant plus problématique? La bonne nouvelle, c’est que si la situation semble très similaire, il y a des différences qui peuvent donner un peu d’espoir.

Le variant indien en hausse

Il faut d’abord préciser qu’il se cache en réalité trois souches différentes du coronavirus: B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. L’OMS n’a pas fait sa distinction quand elle a considéré le variant indien comme “préoccupant”. Pourtant, ce qui inquiète le plus les scientifiques ces derniers jours, c’est l’une de ses sous-catégories: B.1.617.2.

Elle semble s’être imposée en Inde, même si les données de séquençage sont très partielles. Mais c’est surtout la situation au Royaume-Uni qui est suivie de près. Logique: c’est le pays le plus efficace pour suivre les différents variants du coronavirus.

Et ce que l’on remarque, c’est une hausse forte et continue de B.1.617.2, cette version bien particulière du variant indien. Elle représente 30% des génomes séquencés par l’Institut Sanger au 8 mai, rapporte sur Twitter la professeure Christina Pagel à l’University College de Londres.

Le graphique ci-dessous montre bien que par rapport aux autres variants préoccupants, seul B.1.617.2 progresse fortement.

4.Looking at absolute weekly sequenced numbers, the rapid increase of B.1.617.2 compared to other variants (including its sibling B.1.617.1) is obvious.

And clear why SAGE worried it could be ~50% more transmissible than B.1.1.7 (our "Kent" variant). https://t.co/MAUxtVf6Oipic.twitter.com/9Qep6Cpybs

— Prof. Christina Pagel (@chrischirp) May 17, 2021

Certes, ces données peuvent être biaisées, mais elles sont normalement corrigées, notamment afin d’éviter une surreprésentation des voyageurs (plus testés et potentiellement plus porteurs de variants différents). “Il est possible que le variant progresse rapidement sans être plus contagieux, mais je pense que l’explication la plus simple est qu’il est plus infectieux et qu’il est logique d’être inquiet”, conclut la chercheuse.

Contagiosité élevée

Dans un rapport du 13 mai, l’équivalent du conseil scientifique britannique, le Sage, estime qu’au vu des données anglaises, “il est très probable que [le variant B.1.617.2] soit plus transmissible que B.1.1.7[le variant anglais] (confiance élevée)”. Il pourrait même être jusqu’à 50% plus infectieux que le variant anglais, lui-même déjà environ 50% plus contagieux que la souche originelle du coronavirus.

Le débat fait encore rage dans la communauté scientifique sur le niveau de contagiosité du variant indien. Andrew Rambaut, professeur d’évolution moléculaire et membre du Sage, était très prudent jusqu’à peu. Mais au vu des données publiées ce mardi 18 mai, il estime sur Twitter que les chances que le variant indien ait un avantage sur le variant anglais sont de plus en plus importantes.

“Elle serait au moins en partie due à une meilleure transmissibilité”, plutôt qu’à un échappement immunitaire, explique-t-il, tout en précisant que la valeur de cet avantage reste incertaine.

Reste à savoir à quel point un tel variant peut avoir un impact dans un pays comme le Royaume-Uni, fortement vacciné. Les données les plus récentes datent tout de même du 8 mai, car le séquençage prend du temps. Or, comme le rappelle le journaliste du Financial Times John Burn-Murdoch, la hausse du nombre de cas dans les zones où le variant B.1.617.2 est présent a tendance à diminuer ces derniers jours. Il faudra donc suivre avec attention les chiffres des jours à venir.

First, the Sanger data is sequences with specimen date before May 8.

We’ve got more days of data since then. It’s not broken down by variant, but it can show us what’s happened to total cases in those areas since May 8.

Answer: growth rates have slowed, in some cases reversed pic.twitter.com/lE5FFGKLNI

— John Burn-Murdoch (@jburnmurdoch) May 17, 2021

Quel impact sur l’efficacité des vaccins ?

Dans son rapport, le Sage estime qu’au vu des données publiées, il semble y avoir un échappement immunitaire pour B.1.617.2 similaire à l’autre variant indien, B.1.617.1 et, surtout, plus faible que pour le variant sud-africain B.1.351. En clair: le risque d’être réinfecté alors qu’on a déjà eu le Covid-19 est plus élevé face à ce variant.

“Et c’est justement la grosse inconnue: à quel point l’avantage de ce variant sur les autres, s’il existe, est dû à une plus forte contagiosité ou à une capacité d’échapper à l’immunité?”, s’interroge Samuel Alizon, directeur de Recherche au CNRS, spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses, interrogé par Le HuffPost.

Par contre, on ne sait pas à quel point cette réduction peut avoir un effet sur les vaccins, car elle semble pour le moment relativement limitée, selon plusieursétudes.

Mais même dans le cas où les vaccins restent efficaces pour empêcher les cas graves de Covid-19, il est possible que la protection contre l’infection soit diminuée. En clair, la santé d’un vacciné serait toujours protégée, mais il pourrait être porteur asymptomatique. De quoi permettre au virus de continuer à se transmettre même si une grande partie de la population est vaccinée, jusqu’à toucher des non-vaccinés, qui risquent d’en subir les conséquences.

Pour le variant sud-africain, par exemple, une récente étude réalisée au Qatar a montré que le vaccin restait extrêmement efficace pour empêcher les formes graves (97,4%). Par contre, le risque de développer une forme légère ou asymptomatique était un peu plus élevé que dans les essais cliniques. Pour autant, il ne faut pas croire que les vaccins ne fonctionneront plus. Dans l’étude, la protection contre l’infection reste très bonne: 75%. En tout cas, pour les vaccins à ARN. Pour AstraZeneca, la diminution de l’efficacité pourrait être bien plus importante, selon une étude réalisée en Afrique du Sud.

Reste à voir à quel point cet échappement immunitaire est présent pour B.1.617. En Angleterre, on voit que c’est particulièrement chez les plus jeunes que le variant indien progresse le plus vite, comme le montrent ces graphiques de John Burn-Murdoch.

NEW: this chart is important

It’s early days, but there are signs that the vaccines may be working against the Indian variant B.1.617.2

Resurgences in Bolton & Blackburn are so far confined to younger people. Cases remain low & flat among the mostly-vaccinated older population. pic.twitter.com/kzC85QXk9A

— John Burn-Murdoch (@jburnmurdoch) May 14, 2021

Pour autant, il faut rappeler que même sans variant, on a souvent vu l’épidémie progresser d’abord dans les tranches d’âges plus jeunes, qui ont plus de contacts sociaux, avant de s’étendre aux personnes âgées.

Des cas de variant indien en France, mais...

Si ce variant indien est véritablement plus contagieux, voire échappe en partie à l’immunité, que risque la France? Le 12 mai, Santé publique France a exceptionnellement mis à jour son analyse bimensuelle de risque des variants afin d’intégrer B.1.617, suite à sa dénomination de “préoccupant” par l’OMS.

Le variant indien est impliqué dans au moins 24 épisodes de contamination, en hausse sur ces dernières semaines. Pour 18 d’entre eux, c’est le variant B.1.617.2 qui est en cause. Surtout, dans deux clusters familiaux en Auvergne-Rhône-Alpes et en Île-de-France, aucun lien avec l’Inde n’a pu être découvert. Cela veut dire qu’on ne sait pas comment le variant indien est venu contaminer les personnes de cette famille.

En clair: le variant indien circule parfois de manière invisible en France. Mais rien ne dit aujourd’hui qu’il a définitivement pris pied en France. Quand il y a très peu de cas, même si le virus est très contagieux, le hasard peut faire que la chaîne de transmission s’arrête par elle-même. À l’inverse, s’il y a un nombre plus conséquence de cas, on sait que le virus va se propager. C’est comme quand on lance un dé: le résultat peut varier de 1 à 6. Par contre, si on lance 1000 dés, le résultat sera très, très proche de 3500. 

Aujourd’hui, résume Samuel Alizon, “la question est de savoir si nous sommes en France vis-à-vis du variant indien comme en novembre par rapport au variant britannique, avec une faible circulation qui ne prend pas, ou si nous sommes plutôt dans la même situation qu’à la fin décembre, où les chaînes de transmission sont encore minoritaires, mais bien installées”.

“À ce jour, aucun élément en faveur d’une diffusion communautaire significative n’a été rapporté en France”, précise Santé publique France. La fin de semaine devrait nous éclairer un peu plus: le résultat de la dernière enquête de séquençage sera disponible en France ainsi qu’au Royaume-Uni.

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